La Estación de Santa Apolónia es una de las estaciones de tren más antiguas de Portugal, ya que fue inaugurada en 1865 en un edificio donde antes había un convento. Originalmente planeada como estación de ferrocarril y fluvial, es por ello un importante punto de conexión para los viajeros que visitan la capital portuguesa.
Su fachada presenta un estilo neoclásico. La nave de la estación tiene 117 metros de largo, más de 24 metros de ancho y 13 metros de alto. Los materiales para su construcción fueron, sobre todo, mampostería de ladrillo, mampostería caliza, hierro forjado, madera de pino y vidrio. Actualmente, Infraestruturas de Portugal gestiona la estación.
Durante el Estado Novo, Santa Apolónia era utilizada con frecuencia por diplomáticos, militares y figuras públicas, lo que reforzaba su importancia como puerta de entrada y salida de Lisboa. Al mismo tiempo, también fue punto de paso para millones de emigrantes en las décadas de los años 60 y 70, que partían en busca de mejores condiciones de vida en Francia y Alemania.
En 1981, frente a la estación, se inauguró el monumento al emigrante, una escultura en bronce de Dorita Castel-Branco.
Como estación de tren, Santa Apolónia perdió importancia tras la inauguración de la Gare do Oriente, en 1998, pero siguen pasando por allí cientos de miles de personas al año. Desde 2007 también es la estación final de una de las líneas de metro de Lisboa, y se encuentra muy cerca de la terminal de cruceros.
A lo largo de los años, la estación ha servido de escenario para películas y series portuguesas e internacionales, debido a su aspecto clásico y a su ubicación privilegiada junto al Tajo.
Desde 2022, el hotel de cinco estrellas The Editory Riverside Santa Apolónia ocupa una parte de la estación, con un total de 126 habitaciones alusivas a la temática de la herencia ferroviaria portuguesa.
